測序文庫“瘦身”記:揭秘片段篩選如何讓DNA“排隊”上機?
二代測序
二代測序(NGS)是一種DNA測序技術,通過對多個小DNA片段進行平行測序來確定基因序列。而文庫構建就是將DNA或RNA樣本“加工”成適合測序儀讀取的標準化文庫。簡單來說,就像把一本厚重的書拆成碎片,再貼上統一的“條形碼”和“頁碼”,方便機器高效識別。
建庫關鍵步驟

與一代和三代測序不同,二代測序儀對文庫片段的長度有嚴格要求(如Illumina平臺常用300-500bp)。若片段過長,測序讀長無法覆蓋;若過短,可能導致數據冗余或接頭污染。此外,片段均一性直接影響測序數據的質量和后續分析的準確性。就像快遞分揀,只有大小合適的包裹才能高效通過傳送帶,避免卡機或丟失。所以建庫實驗中,片段篩選的準確性尤為重要。

片段篩選的步驟
在建庫實驗中,一般是對接頭連接產物或者擴增產物進行片段篩選。對接頭連接產物進行篩選,可以在擴增前最大限度的去除不合格片段,提高擴增效率;對擴增產物進行篩選,是對最終文庫產物進行雙選,最大限度的保證文庫片段一致性,無論是哪種方式,都能實現文庫片段的嚴格把控。片段篩選的步驟一般包括:
1.磁珠純化:
收集全部產物,去除反應體系中多余的酶、引物等雜質;
2.雙步分選:
第一步去大片段:加入一定比例磁珠,吸附大片段DNA,保留上清中的目標小片段;
第二步去小片段:加入不同比例磁珠,吸附目標片段,去除過小的雜質(如接頭二聚體);
3.洗脫收集:
將吸附在磁珠上的目標片段洗脫下來,用于下一步實驗。
隨著二代測序應用越來越廣泛,實驗員在進行分選實驗操作時的痛點也越來越明顯:
步驟繁瑣:需多次調整磁珠濃度,純化步驟易出錯;
樣本損失:手工操作可能導致珍貴樣本損耗(尤其微量樣本);
時間成本高:單次實驗耗時2小時以上,批量處理效率低;
均一性依賴經驗:分選效果受操作手法影響大,新手易翻車;
睿科NGS自動化文庫構建工作站應運而生,解放雙手,實現高通量、高質量、低損耗、標準化的文庫構建。
睿科NGS系列自動化建庫儀
精準加樣

8通道移液頭,兼具單通道功能,可實現1-250μL范圍的精準移液,高效完成試劑添加、樣本混勻、樣本轉移、移除廢液等操作。
特有混勻方式

自動化程度高

包含12/20個標準盤位,整合PCR板加熱、PCR板制冷、PCR板磁吸附、PCR板振蕩、PCR儀、試劑制冷、定量等各種功能模塊,靈活適用于低/中通量建庫需求,全自動化完成各類文庫構建流程,實現標準化操作。
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安全可靠

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片段篩選雖是小步驟,卻是文庫質量的“守門員”。隨著自動化技術的普及,科研人終于可以從重復勞動中解放,專注更有價值的科學問題!如果你還在手動分選DNA片段,不妨試試睿科NGS自動化文庫構建工作站,讓實驗效率飛起來~